Только девять афинских триер смогли выйти в бой с полным составом гребцов. На остальных кораблях из трех ярусов весел гребцы остались только на двух, на некоторых — на одном, а то и вовсе не было гребцов. Битва продолжалась менее часа. За это время Лисандр уничтожил весь афинский флот. Только девять триер с полным составом гребцов под началом Конона сумели спастись. Они прорвали строй триер противника и ушли на юг, к острову Кипр. Спартанцы захватили остальные корабли — 171 триеру и взяли 3 тысячи пленных. {Разин Е.А. История военного искусства. М., 1994. С. 175.)
Битва при Эгоспотамах покончила с афинским могуществом на море. У Афин больше не было ни флота, ни денег, ни матросов. Лисандр посадил всех пленников на суда и отплыл назад, на другой берег Геллеспонта, к Лампсаку.
Спартанское правительство и совет союзников решили казнить всех пленных афинян. Лисандр призвал к себе пленного стратега Филокла и спросил его, какого наказания заслуживает он за то, что внес в афинское народное собрание предложение отрубить спартанским пленникам большой палец правой руки. Филокл, не сломленный несчастьем, смело ответил Лисандру: — Поскорей казни пленных: ведь такая же участь постигла бы тебя, если бы мы победили. С этими словами Филокл первым пошел на смерть. (Знаменитые греки и римляне. СПб, 1993. С. 120.)
После казни пленных Лисандр стал объезжать прибрежные города и всюду уничтожать демократический строй, устанавливал аристократическое правление и оставлял везде спартанские гарнизоны. Начались казни и изгнание сторонников демократии.
Чтобы поскорее захватить Афины, Лисандр снова задумал хитрость. Он объявил, что все афиняне, застигнутые вне города, будут немедленно каэнены. Лисандр рассчитывал, что наплыв жителей в Афины вызовет там голод, болезни и город не сможет выдержать долгой осады. Расчет Лисандра оправдался: в Афинах вскоре наступила крайняя нужда. Тогда Лисандр отплыл с флотом к Пирею и потребовал сдачи города. Побежденным пришлось принять тяжкие и позорные условия спартанцев. Афиняне должны были разрушить военную гавань, срыть Длинные стены, защищавшие город, а также вернуть изгнанных аристократов. Афинский морской союз уничтожался. Еще недавно могущественные Афины потеряли свои заморские владения. У афинян остались только Аттика и остров Саламин.
Так в апреле 404 года до н. э. Афины капитулировали. Афинский морской союз прекратил свое существование. Лисандр захватил и сжег все корабли афинян, оставив им только двенадцать небольших судов. Лисандр вступил в Афины в день годовщины великой победы афинян над персами при Саламине. Гегемония в Греции перешла к Спарте.
Пелопонесская война оказала большое влияние на организацию армии и способы ведения войны. Завершился переход от ополчения к наемной армии. В армию допустили бедные слои населения, которые образовали легкую пехоту. Они получили легкий щит — пелту; так появилась пехота — пелтасты. Это была регулярная пехота, которая могла вести бой как в рассыпном бою, так и в составе фаланги. Маневр в бою, основанный на взаимодействии тяжелой и средней пехоты, стал важной составляющей тактического искусства. В Пелопонесской войне оба противника имели заранее выработанные планы войны. После окончания войны с Афинами спартанцы приобрели значительный опыт и продолжали вести войну в Малой Азии, освобождая малоазийские греческие города от персов.
Пелопонесская война — война не только между Афинами и Спартой; это прежде всего борьба политических группировок, что определяло стратегию воевавших сторон. Борьба за союзников стала одним из коренных вопросов войны. Вторым важнейшим вопросом была борьба за господство на море, что требовало взаимодействия армии и флота. Вот почему битва при Эгоспотамах считается выдающимся морским сражением Древнего мира.